Mestrado profissional, mestrado acadêmico e doutorado são denominados como pós-graduação stricto sensu, ou simplesmente pós-graduação. 

Na PUC/PR, há 16 cursos de mestrado, sendo um deles profissional, e 13 de doutorado. Estes cursos estão organizados em 16 Programas que capacitam para atuar em ensino, pesquisa, inovação e desenvolvimento, contribuindo para a produção de conhecimento científico, tecnológico ou filosófico.

Os Programas estão abertos a candidatos que tenham concluído curso de graduação no país ou no exterior, devidamente reconhecido ou validado. Estes programas são autorizados, avaliados e recomendados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal do Nível Superior do Ministério da Educação (CAPES). A CAPES atribui quadrienalmente conceitos de 1 a 7 aos programas, considerando sua proposta, o perfil de seus docentes e discentes, a qualidade das suas teses e dissertações, o impacto da sua produção intelectual e sua inserção social.

Para serem reconhecidos, os programas devem obter conceito mínimo 3, o que corresponde a um programa regular. Quando se consideram critérios nacionais de qualidade, especialmente de publicação científica dos docentes e discentes, o conceito máximo é 5 (muito bom). Os conceitos 6 (ótimo) e 7 (excelente) são atribuídos a programas com excelência internacional. 

O mestrado e o doutorado têm duração de dois e quatro anos, respectivamente. Os estudantes cursam disciplinas, são incentivados a participar de eventos científicos e desenvolvem projetos de pesquisa. 

Os resultados destes projetos são publicados em revistas científicas de impacto e defendidos em sessões públicas, nas defesas de dissertação (mestrado) e de tese (doutorado). 

Ao concluir esses cursos, é conferido o título de Mestre ou Doutor ao estudante.

Todos os anos são abertas 20 vagas para o mestrado e 10 para o doutorado, para as quais o programa recebe candidatos de todo o Brasil e do exterior. 

• Criar competências acadêmicas em Gestão Urbana e formar docentes qualificados para desenvolver atividades de ensino, pesquisa e extensão nesta área de conhecimento;
• Formar pesquisadores capazes de contribuir de maneira original e relevante em sua área de atuação, aplicando de forma conjunta e integrada, conhecimentos atualizados oriundos das diversas disciplinas que integram o Programa em Gestão Urbana;
• Desenvolver gestores públicos capazes de implementar políticas públicas e de gerenciar atividades e projetos setoriais nas cidades, a partir de uma visão integrada e sistêmica do meio urbano e do processo político-administrativo nos municípios;
• Produzir e disseminar conhecimento na área da gestão urbana através de recursos humanos qualificados, da difusão nos veículos normais de publicação científica, da realização de eventos científicos e, finalmente, por meio da realização de debates, seminários e de outros eventos envolvendo a própria população, a sociedade civil organizada e, em particular, o poder público;
• Envolver progressivamente estudantes da graduação em projetos de pesquisa;
• Proporcionar subsídios para a melhoria da gestão urbana nas cidades brasileiras e paranaenses.

Em 2003, teve início o Programa de Pós-Graduação em Gestão Urbana (PPGTU), com o curso de mestrado em Gestão Urbana que, à época, era vinculado ao Centro de Ciências Exatas e de Tecnologia, por intermédio do Curso de Arquitetura e Urbanismo. 

Atualmente, após reestruturação administrativa da instituição, o PPGTU integra asEscola de Belas Artes da PUCPR e tem como objetivo o desenvolvimento de estudos e pesquisas para o aprofundamento teórico-científico e aplicado do campo de planejamento urbano e regional. 

Foi recomendado pela CAPES em 4 de agosto de 2003. 

Foi reconhecido pelo Ministério da Educação em 26 de agosto de 2005, conforme Portaria nº. 2.878 cuja revalidação foi objeto da Portaria nº 1077/2012 do Conselho Nacional de Educação do Ministério da Educação. 

A busca pela qualidade acadêmica marcou o programa desde o início, quando obteve, já em sua primeira avaliação trienal da CAPES (2004-2006) a nota 4.

Com isto, criou-se condições para submeter a proposta de doutorado (o primeiro doutorado em Gestão Urbana no Paraná), cuja primeira turma ingressou em 2009, iniciando em 2018 sua 10ª turma, e tendo passado à nota 5 na avaliação trienal de 2010-2012. 

Durante o último quadriênio (2013-2016), além da sustentação da qualidade acadêmica para um programa nível 5, foram ampliados esforços de internacionalização, resultando em acordos de dupla titulação de doutorado com universidades estrangeiras (Canadá, Alemanha, e Itália), e na atração de estudantes e pesquisadores estrangeiros para pós-doutoramento. 

Além disso, vários pesquisadores do programa colaboraram na ampliação das relações acadêmicas e científicas internacionais com a participação em editais de fomento com parceiros de universidades estrangeiras, além de um constante movimento de abertura do programa por meio de estágios de pós-doutoramento de seus professores em outras instituições no Brasil e no exterior. 

A mobilidade (discente e docente) e a participação em pesquisas com outras instituições compõem, assim, uma das ações do programa em suas estratégias de internacionalização.

Ao longo desses anos, buscou-se tornar o PPGTU em um centro de referência em pesquisa e reflexão, assim como de formação profissional e de pesquisadores em gestão urbana, tanto na abordagem conceitual sobre o que é o urbano na contemporaneidade, quanto nos estudos empíricos sobre a gestão do espaço nos campos do planejamento urbano e regional, políticas públicas territorializadas e gestão e tecnologias ambientais.

Em 2018, o curso inicia sua 16ª turma de mestrado com uma média de entrada anual de 18 alunos e 10ª turma de doutorado, com 10 vagas anuais. Até dezembro de 2017, já haviam sido defendidas 218 dissertações de mestrado e 26 teses de doutorado. A demanda por participar do programa tem sido crescente, confirmando as expectativas que motivaram a criação. Tal demanda, vale lembrar, hoje reflete o impacto ampliado do PPGTU para regiões brasileiras diversas e países latino-americanos.

O Programa foi responsável pela criação, em 2009, da Revista URBE de alcance internacional, classificada como A2 na área de Planejamento Urbano e Regional/Demografia pelo Qualis, sistema de avaliação de periódicos da CAPES. 

A URBE é uma revista que publica artigos relacionados a estudos urbanos e tem compromisso de disponibilizar seu conteúdo de forma digital, online e de acesso aberto (www.scielo.br/urbe). 

Para abarcar a complexidade do fenômeno urbano e sua materialidade no território, a URBE publica artigos teóricos e empíricos resultantes de pesquisas originadas nas diversas áreas que formam os estudos urbanos, como planejamento urbano e regional, arquitetura e urbanismo, gestão e administração pública, políticas públicas, geografia, infraestruturas e tecnologias urbanas e meio ambiente. 

Deve-se destacar também o crescimento da revista que, com a inclusão em vários indexadores de impacto regional e global (Scielo, Scopus, DOAJ e Redalyc, principalmente), tem se consolidado como referência na publicação científica em estudos urbanos no Brasil e América Latina.

Finalmente, não só a PUCPR, em suas diversas áreas, mas o próprio PPGTU tem demonstrado ao longo dos anos, e em consequência de seu crescimento e protagonismo no ensino e pesquisa em estudos urbanos, interesse em ampliar suas ações de solidariedade e nucleação, como determinadas pela CAPES e recomendada a programas de pós-graduação com nota 5 ou superior.

A PUCPR, desde 2011, possui um projeto denominado Excelência no Stricto Sensu, com o objetivo de internacionalizar os programas para atingirem os conceitos 6 e 7 e para promover a transdisciplinaridade e a inovação nas diferentes áreas do conhecimento, especialmente em suas áreas estratégicas. 

Alguns dos diferenciais dessa proposta são o PIBIC Master (permite que estudantes talentosos cursem simultaneamente a graduação e a pós-graduação stricto sensu e desenvolvam parte de sua pesquisa em uma instituição estrangeira muito bem qualificada), a sintonia com a sociedade e o foco em inovação.

A instituição deve estar ainda em constante preocupação com mudanças de necessidades da sociedade, com alinhamento/realinhamento à critérios da CAPES e orientada a desenvolver-se internacionalmente, tendo a internacionalização como seu grande norteador na busca de qualidade em ensino e pesquisa.

Cada programa de Pós-Graduação deve atender aos critérios fixados pelo comitê da área a qual pertence, portanto, o planejamento estratégico de cada programa e a fixação de critérios de funcionamento necessitam considerar essa realidade.

Os critérios da área precisam ser objeto de discussão anual no âmbito do programa, para a adoção de ações corretivas necessárias e adequadas no decurso do quadriênio. Cada programa tem o compromisso de estruturar e readequar anualmente seu planejamento estratégico em busca da excelência. Além disso, os programas são estimulados a repensar suas linhas de pesquisa de forma a se adaptar às rápidas mudanças que ocorrem nos cenários internacional e nacional.

Esse dinamismo e flexibilidade da Pós-Graduação deve sempre satisfazer o critério de qualidade tanto na formação de mestres e doutores como no desenvolvimento da pesquisa e inovação, visando essencialmente o aprimoramento da sociedade. Desta forma, é solicitado anualmente uma revisão do planejamento estratégico de cada programa contendo, pelo menos, os tópicos:

i. Missão e Visão do programa;

ii. Parecer anual resumido de avaliador externo; a avaliação anual por membro externo é uma prática institucional realizada desde 2006, que permite avaliar anualmente o desempenho de cada programa segundo critérios da área;

iii. Pontos fortes, fracos, oportunidades e riscos (Elaboração da matriz SWOT evidenciando fatores externos e internos), tendo em vista os objetivos para os quadriênios atual e seguinte;

iv. Metas (objetivos quantificáveis) estabelecidas para a consolidação e desenvolvimento dos pontos fortes e tratamento dos pontos fracos;

v. Ações (processos) necessárias para atingir as metas, responsáveis e instrumentos de acompanhamento; neste tópico o coordenador e colegiado devem se envolver para pensar em redimensionamento de corpo docente e de corpo discente, critérios para credenciamento/recredenciamento, infraestrutura, processo de seleção, estratégias para aumento de captação de recursos, de citações e de inovação dentre outros itens;

vi. Texto preliminar de autoavaliação do programa, cobrindo os últimos quatro anos e com descrição contendo pelo menos: etapas do processo de autoavaliação; análise dos resultados e alcance de metas; ações necessárias para sua consolidação e internacionalização;

O documento do PDI (PLANO DE DESENVOLVIMENTO INSTITUCIONAL) apresenta os planejamentos estratégicos de todos os programas alinhados ao planejamento institucional, contendo Missão, Visão, Matriz SWOT, CANVAS e road map, provendo informação sobre necessidades e pretensões dos programas para os quadriênios 2017-2020 e 2021-2024 de avaliação da CAPES.